程朱理学。
为了对抗道教和佛教，他在“理无穷，故圣人立言亦无穷”的思想指导下，弃旧图新，提出了不少具有唯物主义思想倾向的观点，对近年兴起的理学唯物主义思潮起到了首倡和先导作用。
而且他还创立了儒家实学，发表了“人于‘实’之一字，当念念不忘，随时随处省察于言行居处应事接物之间，心使一念一事皆出于实，斯有进德之地。”以及“为学不在多言，亦顾务行如何耳!”的言论。
他在强调行的重要性的同时，也肯定了知对行的指导作用，如论：“知理而行者，如白昼观路分明而行，自无差错；不知理而行者，如昏夜无所见而冥行，虽或偶有与路适合者，终未免有差也。”
“复性”说在薛瑄理学思想体系中也占有重要地位。他虽积极维护程朱的“道统”观念，本质上仍然是唯心主义的，但其中也不乏唯物主义观点。
如就“性”的本源来说，朱熹认为“性”是天赋，来自先天；而薛瑄则认为“性”是“理”，主要形成于后天。
在对“复性”的具体解释上，朱熹指出，“复性”就是要恢复人的本然之善的天性；薛瑄却不然，他说“复性”就是要按理视、听、言、动。薛瑄的“复性”说，在很大程度上是对朱熹“复性”说的修正和完善。
由于薛瑄力倡“实学”，并一生躬行实践，所以他的学说被时人称为“笃实践履之学”，他本人被誉为“实践之儒”
不过，因为朱瞻基重视真理教，只将儒学作为思想奠基，所以薛瑄这一生，总的来说是不尽如人意的。
他在晚年掀起了儒家正宗之说，批判真理教学术只能为用，不能为体，“体应大于用”之说，在民间引起了不少学术之争。
如果仅仅在学术上进行辩论，朱瞻基能够忍他，因为朱瞻基很清楚，薛瑄说的是对的。
真理教实际上就是应用科学，应用科学可以发展经济，却不能充实人心。
大明想要长久稳定，离不开儒家的学术影响。
但是儒学可以为体，却不能为用，真要以儒学为用，大明又会走上历史的老路。
所以薛瑄将学术之争，引到官场之上，并且人为地对不同官员进行派系划分，这就是朱瞻基不能接受的。
正统三十七年，朱瞻基将他削职为民，赶回了老家，让他在老家著书立言。
薛瑄的削官，也代表着儒学在朝廷的大溃败，从此以后，所有官员以专业为主，只有礼部依旧属于是儒家的大
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