。到了杭州府，这次朝廷又派了一个钦差大臣穆旦，由穆旦主审。其次除了博西勒还有镇杭将军、两江总督、浙闽总督、江苏巡抚、浙江巡抚等多位大员。
审讯开始时，钦差大臣穆旦便对朱慈焕问道：“你是王士元？”朱慈焕说道：“我本姓朱，名慈焕，改名王士元，是实。”穆旦问道：“你既为朱慈焕，朝廷待你不薄，为什么要谋反？”朱慈焕说道：“我没有谋反。几十年来我改名易姓，只是躲避祸端，我现在已经七十五岁，血气已衰，须发全白，我为什么要谋反呢？清廷有三大恩于前朝，我感戴不忘，何尝谋反？”
穆旦问道：什么三大恩？”朱慈焕说道：“如今皇上诛杀流贼，与我朱家报仇，一也。凡我先朝子孙，从不杀害，二也。朱家祖宗坟墓，当今皇上躬行祭奠，三也。”朱慈焕抬头叹道：“我今年都七十五了，血气已衰，鬓发皆白，我要是造反，为何不趁着当初三藩作乱的时候，反而在清宁无事之日？况且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招买军马，打造军器，你看我干过一件吗？这类事情我一样都没做，只是在山东教几个孩童读书，怎么能有谋反之事？”
穆旦听罢下令说道：“把浙江谋反的张某人带来，问他谁是朱三太子。”手下人便把之前造反的张念一带了上来。穆旦问道：“张念一，我且问你，你可知朱三太子是何人？”张念一听罢答不上来，说道：“我们只是借用朱三太子的名义号令百姓，其实并不认识他。”
穆旦又对李力远问道：“这王士元在你家里将近两年，你果真不知道他的底细？”李力远说道：“我曾经做过朝廷的命官，前辈曾经受过朝廷的诰封，朋友与君父哪边轻、哪边重，我还分得清楚。如果我知道他的底细，怎么敢与他棋诗往来，毫不避人耳目？”
穆旦听罢不敢妄自下论，便和博西勒以及其他几个督抚商量，穆旦说道：“各位大人，我觉得这个自称朱慈焕的人说的话不无道理啊。况且几年前皇上还说过要访查一位明朝后代来当官，这个朱慈焕看起来是最佳人选，所以我们还是不要擅自做主。”博西勒说道：“我看还是把审讯记录送到京城，由刑部裁决吧。”穆旦说道：“也好，这个朱慈焕我们还是先好生对待他，给他好吃好喝，等着京城那边的消息吧。”几人点头。
没有太多时日，这边得到刑部那边的判决，博西勒穆旦等人打开一看，上面写着：“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心。应拟大辟以息乱阶。细询李某，坚供不知情，然在伊家捉获，且住有年余，说不得不知情。合以知
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