何限制的近海运输载重吨分配也划归企划院统筹管理。
运力紧张是得依靠原先海军的中小型船只进行货运已经变得愈发困难。出海航行过于频繁使得船只和水手的工作状态变差，海损情况开始上升。
扩大船队成为执委会的一个共识，但是整个1630年，因为战争和开发三亚的关系，财政总监部对基础建设、陆海军、军备设施的投资占去了全年预算的一半以上。而直接用于造船的开销几乎为零。临高的航运业，几乎完全靠对旧有船只的进行维修改造来支持的。尽管从规模来说，临高的船队也相当可观，旧式帆船中的双桅/百吨以上级别的船只保有量有126艘，另有30～70吨的单桅船92艘。
这些船只全部归海军管理控制，一部分船只经过改装作为渔船使用，一部分安装了多少不等的火炮和打字机成为专业的作战用特务艇，另外一部分安装了少量的火炮，专门用来充当各种海上杂务，包括运输、巡逻和捕鱼。命名也很简单，只是简单的用注册港＋用途＋编号。诸如：“临特”、“临渔”、“临运”这样的名字。
21艘载重吨在200～500吨的船只――类似“琼海煤”这样的大型帆船，被授予了独立的船名――作为专用运输船集中使用，特别是前往越南的运粮船和前往三亚、香港的物资输送船，全部是由这些“大型船”负担。这些船只也有少量的武装，并且留有扩充武装的余地，必要的时候可以投入战斗。
除了这些由海军控制的船只之外，在广州－雷州－临高的航线上，过去还有高广船行和海安船行两家船行的船只在航行，这些船只由殖民及贸易部控制，分别由广州站和雷州站进行管理。高广船行有12艘三桅大福船，分别以“广＋天干”和“高＋地支”的方式来命名，这些船只在广州－临高之间开办客货混装的定期航线，在第二次反围剿之前业务十分兴旺，二次反围剿作战开始前，一部分船只逃往临高，一部分被官府扣押没收。暂时还没有恢复起来业务。
至于海安船行的船只，全部是吨位较小的沿海用的盐船，原本主要是用来运输雷州糖到广州等地销售，除了运输糖之外，平时还将雷州的煤、木材和农产品运往临高等短途的海上运输。
尽管大部分的船只都由海军管理使用，在运输的方面的载重吨分配上实际由企划院具体控制。企划院的运输办公室里有专门的配载图和表格，精确到小时的记载各种货物的物流情况。
海军执行珠江口战役之后，大量船只被调走充当战舰和运输舰，使
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