1684年3月25日，几艘隶属于台湾银行的船只突然开进了闽江入海口附近。正在此巡弋的一艘福建水手战船——“雅克萨”级武装运输舰，无蒸汽推进系统版本——立刻靠了过去，小心翼翼地询问起了他们的来意。
虽然面前总计六艘舰船（两艘“星”级轻巡洋舰、四艘“雅克萨”级武装运输舰）让他们感到有些不安，不过福建水师多年来的底蕴给了他们莫大的信心，坚决上前询问了起来——即便经过多年的所谓“正规化建设”，福建水师依然没有抛弃自己的传家宝，即数量庞大的小船队伍。
这些小船，多是中国近海常见的船型，吨位不大，数量众多，在福建近海的浅水区域如鱼得水，是一股非常庞大的力量。明末郑芝龙将这些或是渔民、或是海商、或是海盗的小船组织起来，一度纵横南海，罕逢敌手。即便如日中天的荷兰东印度公司，当时也不愿意在福建近海的浅水区域与其作战（有点类似英荷海战中英国船只不敢到浅水区域与荷兰小船作战一般），可见其实力之强大。
郑芝龙凭借这个庞大的船队打败了竞争者刘香，垄断了南中国海的贸易，无论是荷兰人还是英国人，如果不想彻底得罪郑氏集团从而导致拿不到货的话，还是老老实实给他们缴税比较划算。毫无疑问，这种贸易的垄断反过来又极大滋润了郑氏集团，使得其力量更加增强，甚至从海上延伸到了陆地，成了福建事实上的土霸王。
福建水师力量第一次受到重挫是郑芝龙降清。去了北京后的他水师群龙无首，平日里养起来的海盗、渔民们因为没人发钱了而散去了很多，再加上也有不少人对其降清不满，因此原本啸聚一块的福建水师顿时星散各处，再也不成规模。这从后来其子郑成功回福建招募旧部就能看得出来，前来投奔的人并不多，远不及当日鼎盛时期的规模。这固然有彼时郑成功财力不足的原因，同时也有很多人归隐、散去有关。
好在郑成功呕心沥血经营多年，再加上抗清旗帜给他带来的光环加成，福建水师的实力又慢慢有所恢复，但与当初也有所不同。其中，最大的区别就是数量减少了很多，即原本郑芝龙时期数量庞大、型号杂乱的渔船、货船什么的都被剔除出了水师队伍，郑氏集团也不再给他们发放赏赐或津贴，军民分离执行得非常坚决。
取代这些船只的，是郑成功设在马尾的造船厂仿造的一艘艘专业战船（看来无论是东西方，专业战舰和武装商船的逐渐分离都是大势所趋）。这些战船说实话技术并不怎么先进，但可以看得出来努力吸收了许
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