桦山资记甚为不解，遂谓西乡从道：我太政大臣三条实美、右大臣岩仓具视皆曰，台湾可谓亚细亚咽喉之地，土地肥沃，物产丰富。欧洲垂涎于此岛之国不少。若我不得此地而为彼所得，其利害之分，自不待言。且与台湾交战乃为实地锻炼我国兵卒，即此一端，亦应云可。。
西乡从道曰：吾等进军台湾，吾皇陛下并未敕许。吾等是以贼徒之姿直捣生番之巢穴，如果清国责问，吾等即乃浪人胡为。而今恶疾盛行，吾军染病而亡者众；清国大军复又莅临，众寡悬殊，是战是和，应待吾皇敕令。
西乡从道进退两难，内务卿大久保利通迅奏明治：浪人武士业已腐朽，吾国当以英吉利国之军制，组建西式化之军队；西乡从道所组之军，皆乃萨摩藩乡士浪人，袭扰尚可，征战万难。其军宜应暂退，且待吾皇御亲兵成军，方可砥砺再战。
明治谕曰：台湾生番部落，为清国政府所不及之地，是以报复杀害我藩属琉球人民之罪，为我国政府之义务，而征战之公理，亦可于此获得主要依据。然台湾痢疾横生，我军战事不利，徒乎奈何。著驻清公使柳原前光速至天津接洽我西乡各军和平退防事宜。
清国如依琉球曾对该国遣使纳贡为由，发挥两属之说，我应遑顾不理，不应与其议论为佳。盖控制琉球之实权在我帝国，阻止琉球遣使纳贡之非礼，可列为征伐台湾以后之依据，目前不可与清政府徒事辩论。