宗棠闻讯，亲临督战。
众将士益奋，奋不顾身，游击张林、参将杨世俊先后战死。
肃州城内粮资亦已耗尽，马文禄进退不能，不胜其烦，遂大杀三日，屠城泄愤。
宗棠惊，急召众将，道：肃州城垣虽坚，月内务必击破！结寨浚壕、增兵困围、掘地炸墙、炮轰溃城，皆乃破城之方。刘锦棠至，携手诸公，拼死一搏。
九月初十，刘锦棠率兵2000，汹汹赶至。
归降茴目、旌善营营官崔伟上言：启禀刘将军，围城半载，肃州粮资耗尽，城内人相食也！标下以为，城内人心已惶，再无战意。标下即率轻骑百余，绕城呐喊，乱其心志！
是日，崔伟等绕城狂呼：肃州将破，马文禄死期至矣，诸位善自为谋！
外音啧啧，听者有心，忽有百余穆兵，荷枪实弹，直入辕门，将那马文禄一众茴目，裹挟捆绑，押赴左宗棠行营。
马文禄拜过宗棠，道：启禀大帅，吾等甘心投诚，愿率众将，关外平叛，将功赎罪！
宗棠道：本爵大臣提兵三万，尔茴偕兵七千，两军对垒，战则战耳，死则死矣！是乃生死有命。然尔等穷途末路之际，肆意杀戮两万手无寸铁之赢弱百姓！可有天理？尔等已无天良，尔等不死，苍天蒙尘！速传本爵大臣令，肃州城内所有茴目穆民，全皆诛杀，寸草不留！
肃州得，甘陇平，同治帝甚喜，迅谕：左宗棠剿匪功高，着授协办大学士，一等轻车都尉世职。金顺，加恩开复革职处分，赏还黄马褂、花翎清字勇号。提督宋庆，尤为奋勇，着赏戴双眼花翎。刘锦棠直捣金积堡，功不可没，着赏一等轻车都尉世职。詹事府詹事袁保恒，筹措军饷，始终无误，着赏给头品顶戴。