折叠编辑本段故事介绍
折叠决斗者王国篇
一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者--贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中(漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带)，武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。
折叠战斗城市前篇
动画版绘图决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张:欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了决斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗;神秘的古鲁斯集团派出的稀有卡猎人也参杂其中。
折叠乃亚篇(动画原创)
战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么?而之前被游戏等人打败的“五巨头“，为了抢夺游戏等人的身体而将他们拉入虚拟世界展开决斗，决斗中，他们发现五大老身后隐藏的名叫乃亚的小孩，却是海马的养父海马刚三郎的儿子!!一场大战即将展开。
折叠战斗城市后篇
战斗城市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由，城之内为了成为真正的决斗者、救出被马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿敌游戏决斗、为了铲除可恶的古鲁斯首脑并得到太阳神、为了完成海马乐园的梦想，游戏为了实现与城之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗马利克施予黑暗游戏惩罚的人们、更为了自己遗失的记忆，他向马利克宣战。
折叠多玛篇(动画原创)
战斗城市结束后，武藤游戏遭受到了不知名力量的阻挡，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走，这个神秘的多玛组织抢走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片--“奥利哈刚的结界“拥有的黑暗能量，
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