游戏王:THEDARKSIDEOFDIMENSIONS
海马濑人通过电脑模拟的阿图姆形象以及武藤游戏使用的「黑魔术师」是原作者高桥和希重新创作的形态。
在争夺「千年积木」碎片的决胜中，游戏最后使用了「黑魔术师」向海马发动攻击但由于被污染的蓝神出现导致决斗中断。
决战中在面对被「千年智慧轮」污染的蓝神的压迫之下，游戏从异次元得到法老王阿图姆的帮助，呼唤了「守护神官马哈德」成功将蓝神邪恶的「暗黑方界邪神深红之挪婆·三神一体」连同「千年智慧轮」一举消灭取得胜利。
折叠游戏王GX
神乐坂盗取了用于展览的武藤游戏卡组并使用了该卡组中的「黑魔术师」。
故事的最后部分，武藤游戏正式登场与主角游城十代进行决斗，再次使用了「黑魔术师」。
折叠游戏王ZEXAL
决斗庵的主人六十郎收藏的「木」卡组中就有以「黑魔术师」以及「黑魔术少女」为原型的怪兽「木黑魔术师」和「木黑魔术少女」，主角九十九游马曾使用过这2只怪兽。
衍生形象
折叠原作进化形态
黑衣大贤者:初登场于王国篇准决赛。城之内克也使用了「时间魔术师」的效果让「黑魔术师」变成了年老之后的弱化状态，但却让其得到了能使用大量魔法卡的能力。
黑魔法神官:初登场于剧场版「光之金字塔」。游戏把「黑魔术师」和「黑魔术少女」作为祭品(攻击力·守备力得到「魔术咒文书」的强化数值)，成功瓦解了海马濑人的「病毒」卡战术并消灭了「青眼究极龙」。但随后即被「青眼究极龙」的进化形态「青眼光龙」击败。
黑混沌之魔术师:初登场于王国篇总决赛。暗游戏用表游戏盖放的仪式魔法「混沌-黑魔术的仪式」让「黑魔术师」通过光与暗的混沌力量得以超进化，成功瓦解了帕加索斯的「定时炸弹」和「千眼纳祭之魔」取得最后胜利。在乃亚篇中与「黑魔术师」和「黑魔术少女」被暗游戏称为「黑魔术三剑客」