“黑魔术少女”是武藤游戏所持有的决斗怪兽卡片。即使阿图姆离开，游戏仍使用着黑魔术少女，并配有其他“魔术少女”怪兽。
折叠编辑本段主要剧情
折叠决斗都市篇
决斗都市预选赛，武藤游戏与潘多拉对决中，游戏使用潘多拉的魔法卡“黑魔术的幕帘”的效果将黑魔术少女特殊召唤出来。黑魔术少女因双方墓地的“黑魔术师”数量增加了大量的攻击力，一举将潘多拉的黑魔术师歼灭而获胜。
武藤游戏跟沉默人偶的决斗中，面对强大的神之卡——奥西里斯之天空龙，游戏召唤出黑魔术少女并使用“魔术礼帽”躲避神的特殊攻击，配合“魔法筒”意图反杀神，可惜因对方的“防御史莱姆+再生史莱姆”的组合而失败。而后黑魔术少女被奥西里斯之天空龙消灭。
八强决赛第一轮，武藤游戏VS貘良了。游戏用“魔术咒文书”提升黑魔术少女的攻击力击倒貘良的暗黑人偶妮可罗菲娅，貘良得以发动场地魔法——黑暗圣域。通过怨灵附体使得怪兽的攻击无效，并配合“暗黑之扉”使得攻击的怪兽只有1只（原作漫画里，“怨灵附体”是躺在墓地里“暗黑人偶妮可罗菲娅”的特殊能力）。黑魔术少女的第一次攻击因怨灵附体而被无效，游戏也失去1250LP。下回合游戏用磁石战士伽玛攻击时貘良使用陷阱卡“沉默的邪恶灵”让被怨灵附体的黑魔术少女代替作出攻击，游戏的攻击再次失效，失去1250LP。为了战胜貘良而不得不使用神之卡，黑魔术少女连同磁石战士伽玛、巨盾守卫者（原作漫画里是栗子球）作为召唤奥西里斯之天空龙的祭品。
“决斗都市后篇”登场的黑魔术少女(12张)
总决赛，武藤游戏VS暗马利克。游戏召唤出的黑魔术少女攻击弩弓手时，马利克用陷阱卡“防御史莱姆”让金属反射史莱姆挡下了黑魔术少女的攻击。马利克使用太阳神之翼神龙对游戏的欧贝利斯克之巨神兵发起攻击之际，因黑魔术少女在场，得以发动“次元魔法”把欧贝利斯克作为祭品召唤出黑魔术师，然后在黑魔术少女和黑魔术师配合下发动魔法“诸神的黄昏”将太阳神之翼神龙除外（原作漫画里，打败神的是黑魔术师和黑魔术少女的“联携攻击”能力）。游戏取胜得了“决斗王”的称号。
折叠乃亚篇（动画原创）
决斗都市八强赛结束至总决赛期间，决斗飞船遭到原海马公司的社员五老大和海马刚三郎的逝子海马乃亚的袭击，众人不得不先把四强决赛搁置来对付五老大。
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