年重新审定一次，作为大明征收赋税、征发徭役的凭证。幕府户籍司司丞许珐留任户籍司司丞。
刑部：负责大明各地的缉拿、治安，刘君韬将原先刑部的审判权拿出来，将刑部变成后世的公安机构。
刘君韬在刑部下面设立：
治安司，主管大明各地的民间治安维持，在各地设立公安府衙，建立县、府、省三级，幕府治安司司丞陈瑜留用司丞，原幕府缉拿司司丞牛杰出任副司丞；
案牍司：负责保存大明所有的审讯、办案资料等要件，原幕府案牍司司丞黄泽天留任司丞；
剑锋司：负责统领一支特种兵马，专门应对大明各地的悍匪、豪强，原幕府剑锋司司丞徐兆会留任司丞。
吏部：负责大明各级官吏的选拔、使用、调任、考核等事物，相当于后世的组织部。刘君韬提名幕府中枢部部长蓝思齐出任吏部副尚书。
礼部：负责大明外交事宜，以及国家大典的承办。刘君韬将原太常寺、鸿胪寺、光禄寺全部合并进礼部之中，精简人员、节省朝廷开支。
工部：掌管大明国家工程建设，以及各项新发明、新技术、新设备的研发和推广。同时刘君韬将幕府商部中的将作司并入工部，将作司司丞马立军留任。
对大明原六部的改制的基础上，刘君韬还增加了不少的新机构：
增加财政部：对大明各地由票号改组而成的银行进行管理，并且统管原户部的朝廷财政大权。刘君韬提名原幕府商部部长唐宇出任大明第一任财政部部长。
下设财政司：对接大明两京一十三省、安西都护府、北庭都护府、瀚海都护府每年的收支与报销；
下设工商司：负责大明各地所有工坊和商贸的管理，以及各种物资的生产、专利的贩卖，对大明境内的商事进行干预和收取各种行政费用；原幕府工商司司丞崔宁留用。
下设中央银行：负责对大明所有民间、官办银行进行管理，并且开始筹备银票向纸币过度的事宜，同时对民间借贷进行管理；原幕府金融司司丞徐萍留用。
下设府库司：管辖和储备各种战略物资，并且根据朝廷的实际需要进行调拨和记录；原幕府府库司司丞何信留用。
下设税务司：负责大明各种税赋的制定、征收、减免等事宜，负责大明商税的征收事宜。
下设海关司：负责大明对外贸易关税的征收。
在刘君韬设计的财政部体制中，还要承担包括大明银行的管制、新的税制、士绅
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