大的变革，但这些变革却招致了灾难性的后果。
朱允炆把三位儒家师傅引为心腹，他们是黄子澄、齐泰和方孝孺。这几位老者对朱允炆关于君之为君的概念起了强有力的作用。黄子澄（1402年死）是一个很受人尊敬的儒家学者，他在1385年举进士第一名。他在明太祖时代担任过很多官职，现在被朱允炆任命为翰林学士，并参与国家政事。齐泰（1402年死）也是1385年的进士，是一位对经书学有大成的学者，特别精于礼和兵法。他在洪武帝弥留之际受顾命，以护卫皇太孙和嗣君，被新皇帝任命为兵部尚书，参与国政。方孝孺（1357—1404年）早在四十来岁的初年就已经是声名卓著的学者，以文章家和政治思想家闻名，未中过举，在他很晚的岁月才开始进入仕宦生涯。朱允炆即位以后被召为翰林侍讲。[6]
这三位儒家学者以各种不同方式影响皇帝。黄子澄和齐泰变成了皇帝的心腹，用儒家的修齐治平理论教育他。他们负责研究一些新政策并付诸实施，目的在改组帝国的行政和加强皇帝的权威。方孝孺是《周礼》，一部关于乌托邦式政府的经典著作——专家，他发觉他所见到的是个人专制统治的缺点，因此他建议皇帝应该根据古代经典所提出的理想和形式来实行仁政。所有这三个人都勇敢、正直和满怀着理想。但是，他们都是书呆子，缺乏实践意识和从事公共事务的经验，也没有领导才能；他们对于问题的分析往往限于纸上谈兵，不切实际。[7]
燕王反叛
令人难以对付的燕王朱棣生于1360年5月2日，他的生母也许是洪武帝的一位贡妃，据说她或者是蒙古人，或者是朝鲜人。他不是像他自己后来所说的那样为马皇后所生；他的这种说法是想在他从他侄子手中夺取了帝位以后按照嫡长子继承原则使他的即位合法化。他长得坚强有力，同时也精通武艺，而且据说在学习儒家经典和文学方面也是出色当行的。他的文学功底在正史中有所表述，因为这种成就符合一个儒家君主的公开的形象。[8] 1370年5月，洪武帝把他封为燕王，定他的封地在北平（今北京），让他坐镇北方边境，以保证国内的安全和抵御蒙古人的入侵。
那时的燕王只有10岁，直到他成年以后才于1380年4月去北京就国。到了这时，他在宫廷已经接受了优秀学者和佛教和尚们的最好的通才教育。他在明王朝头等将领们的辅导之下也已经开始表现出军事领导才能；特别是徐达（1332—1385年）对他的教导更有效，因为1376年
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