知情官员上奏朝廷说钱谦益是自首的，不能再处罚。温体仁又上疏说当初的证词都是钱谦益自己搞出来的。当时审理钱千秋一案的左都御史曹于汴官员对此深为不满。他们联名上疏：“臣等亲自审理钱千秋一案，旁听和听到的人达到数千，不是一个人能够随意掩饰歪曲的。温体仁是在欺骗崇祯帝朱由检，已达到自己升官的目的。”温体仁见势头不妙，转而说这些人是“朋党”，最终钱谦益被杖责。温体仁后又因私人恩怨和大臣们坚持对抗，无论如何都不肯偃旗息鼓。崇祯帝朱由检以为他在朝廷里孤立无援，更加支持他。不久，周延儒进入内阁，第二年六月，温体仁以礼部尚书兼东阁大学士，也实现了入阁的愿望。
温体仁入阁之后，更加嚣张。闵洪学代王永光成为吏部尚书后，排除异己，得到了温体仁的包庇。御史史范、高捷及侍郎唐世济、副都御史张捷等都被收作温体仁的心腹。温体仁嫉妒周延儒的官位在他之上，就预谋扳倒他。钱龙锡受袁崇焕的案子牵连要被判死刑，钱龙锡求情，周延儒说崇祯帝朱由检盛怒难以解救，温体仁则撒谎说崇祯帝朱由检并不是很愤怒。钱龙锡的友人因此疏远了周延儒。周延儒被罢免后，廷臣厌恶温体仁做内阁首辅，想要召回曾经和周延儒一起入阁的何如宠。何如宠说：“君子和小人不并立，如果我不到朝廷里，温体仁还要顾忌我好好主政的。”不久，温体仁顺利成为内阁首辅。[2-4]
朋党为患
温体仁受崇祯帝朱由检恩宠，更加嫉妒骄横。他想要推荐的人，都要秘密让人先提出，自己再去支持。想要陷害谁的时候，都要先故意假装宽厚，再说出犯崇祯帝朱由检忌讳的事让崇祯帝生气。崇祯帝朱由检往往被他转移了注意力，一直没有发觉。姚希孟本来是讲官，因为才望升为詹事。温体仁讨厌他，就用他假冒武生的事情，将他夺职去掌管南院。礼部侍郎罗喻义本来很有声望，因为给崇祯帝朱由检的文章中说“左右未得人”的话，温体仁认为是在讽刺自己，就要让他去掉，罗喻义坚持不从。
温体仁亲自弹劾他说：“今日罗喻义讲进规例太过简单，让他更改他也不同意，这样我这个内阁首辅不能做百官的首领。”崇祯帝朱由检命令吏部商议，尚书闵洪学等趁机说：“皇帝圣明，不需要罗喻义多言。”罗喻义被免职。魏忠贤遗党日夜盼望温体仁能够推翻逆案，攻击东林党。恰好礼部尚书，左都御史空缺，温体仁秘密让侍郎张捷推举牵涉逆案的吕纯如，试探崇祯帝朱由检的反应。言官哗然，崇祯帝朱由检也十分不高兴。温体仁自
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