黑暗能量蔓延了整个城市，许多民众都成为了行尸走肉，幕后黑手正是曙光科技集团有限公司。严铭杀入其中，没有任何的迟疑，杀光了所有生命体。再出来的时候，严铭发现了黑暗进化者的弊端，他们吸收了太多没有淬炼的黑暗能量，从而被黑暗能量的意念体所操纵，暴走！
耗费了很大的劲，严铭才解决这问题，因此而搁浅了黑暗进化者的计划。前往绿岩城的草木精灵秘境，带走了融合人体细胞的草木精灵，顺便解决掉了黑暗进化者的失控问题。草木精灵成为了刘丽娅的老师，随后，铁山城出现变故，不知名的原因而形成了空间通道，黑暗能量的主体入侵了进来。经过严铭的探查以及军事部门的轰击，最后使用特殊的炸弹，毁掉了稳定的通道，解决了问题。
随后前往岭南域的南部边缘，南海城执行任务的时候，刘丽娅通过能量具象化，从而制造出属于她的天赋武器。在城南区的某小区，击杀了许多的人造人，再而将其控制者击杀，来到海滩的时候，遭到天赋进化者的联合伏击。其中便是包括之前的分裂天赋进化者，除此之外，还多了个沙属性天赋进化者以及冰属性天赋进化者。
经过激战，严铭击彻底杀了沙属性天赋进化者，再而带着刘丽娅逃离海滩，但敌对的天赋进化者也无力追杀，纷纷离去。然而，南城区综合医院，随后没多久便是爆发了黑暗能量的感染事件，严铭带着队伍前去解决，最后还未无济于事。
在街道里，严铭被幕后黑手为操纵的黑暗进化者所围攻，但严铭将其尽数击杀。在城市里到处寻找出释放黑暗能量的黑暗进化者。通过同伴的告知，严铭得知草木精灵可以对付黑暗能量的感染，随即便是前往绿岩城，但军事部门的人也前往其中，严铭强行夺权，让军事部门的人配合自己，找出幕后黑手。
找了许多次，严铭都是找到了替身，最后，那同父异母的兄弟出现了，带着幕后黑手而出现。严铭因此而解决了问题，保住了草木精灵的秘境，再而用幕后黑手的尸体应付了军事部门。再次回到南海城的时候，严铭击杀了军事部门训练出来的许多兵王，随后遭到兵王们的追杀，但严铭还是成功的脱困，最终与军事部门达成了协议，兵王们无法对其出手。
通过军事部门，严铭解决了南海城的问题，再而收获了上千个黑暗进化者，其中还有特别的人。解决了南海城的问题之后，严铭便把总部安置在南海城，重新分配了许多利益，百废待兴的南海城再度恢复正常。
驾驶离开南海城的严铭，在高速公路的专用车
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