不想知道中伤我的人是谁，还会把他视为我的朋友。”武则天叹服。
谪贬彭泽
长寿元年（692年）正月，酷吏来俊臣诬告狄仁杰等大臣谋反，将他们逮捕下狱。当时律法规定，一经审问即承认谋反的人可以减免死罪。狄仁杰当场认罪道：“大周革命，万物惟新，唐室旧臣，甘从诛戮，反是实！”来俊臣得到口供，将狄仁杰等人收监，只待来日行刑，不再严加防备。狄仁杰向狱吏借来笔墨，从被子上撕下一块帛，书写冤屈情况，塞在棉衣里，请求送回家中。负责看守的王德寿并未起疑，让人送交给狄仁杰的儿子狄光远。狄光远持帛书向武则天诉冤。
武则天看罢帛书，召来俊臣前来质问。来俊臣辩称：“臣并未对狄仁杰等人用刑，连他们的冠带都未曾剥下，饮食寝宿也一切如常。假如没有谋反的事实，他们如何肯承认谋反？”武则天便派通事舍人周綝到狱中查看。来俊臣先给狄仁杰等人穿戴齐整，然后让周綝入内查看。周綝惧怕来俊臣，只是唯唯诺诺，甚至都没有看狄仁杰等人一眼，便回去向武则天复命。来俊臣还命人假冒狄仁杰等人的名义，伪造《谢死表》，让周綝呈给武则天。
武则天决定亲自过问狄仁杰谋反案。她召见狄仁杰，询问他为何承认谋反。狄仁杰道：“我如果不承认造反，已经死于酷刑了。”武则天又问为何要作《谢死表》，狄仁杰则答称并未写过。武则天便让人拿出《谢死表》，方知道表章是伪造的，因此免去狄仁杰等大臣的死罪，全部贬为地方官。其中，狄仁杰被贬到彭泽，担任县令。此后，魏王武承嗣多次请求诛杀狄仁杰，但都被武则天拒绝。
复居宰辅
万岁通天元年（696年），契丹首领孙万荣作乱，攻陷冀州，一时间河北震动。武则天为了稳定局势，起用狄仁杰为魏州刺史。当时，前任刺史为了抵御契丹，尽趋百姓入城，缮修守城器具。但狄仁杰到任后，却让百姓返田耕作。孙万荣闻听狄仁杰被起复，不战而退。魏州百姓争相立碑颂德。不久，狄仁杰调任幽州都督，获赐紫袍、龟带。武则天还在紫袍上题写了十二个金字，以表彰狄仁杰的忠诚。
神功元年（697年），狄仁杰再次拜相，担任鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事，加授银青光禄大夫。当时，朝廷征发百姓戍守安西四镇，以致怨声载道。狄仁杰为此上表劝谏，又建议废除安东都护府，复立高氏为高句丽君主，暂停江南粮草运输，抚慰河北百姓。他的建议虽未被朝廷采纳，但却得到了有识之士的赞同。不久，狄仁杰又代理纳言
…。。