孙传庭听从了窑岗指挥中心的要求，要施仁政。他们人马过去之后，发布告示，通告百姓们，每人都有宗教信仰自由，但是任何人不能强迫任何人，信仰任何宗教。而且，必须是政教分离，神职人员，不能从政参政，所有宗教都接受国家宗教委员会领导，不允许任何国外宗教人员干涉插手我们境内宗教事务和政治事务。违者重罚。如果不能遵守我们的法律，愿意离开这里的，我们欢送。如果不离开这里的，必须严格遵守我们法律规定。
进军两河流域的时候，宁德严格约束军队，绝对不许扰民。这本来是好事，可是让那里的很多宗教人士认为是软弱了。奥斯曼帝国搞的就是政教合一体制，那些神职人员哪愿意轻易放弃自己的特权。而那些***百姓们，也担心非***官员管理他们，会给他们带来伤害，因此都从心里面反对新来的统治者。
这些宗教人士一看占领者这么软弱，他们就开始来脾气了。动员信教群众反对窑岗的规定。他们要自己的***长老管理这里的事务。宁德当然不会同意的他们无理要求。因此情况就有些紧张了。从一些***村庄不准窑岗士兵官员进庄开始，到有些城镇开始驱逐窑岗官兵和官员。最后酿成冲突。
本来孙传庭是留在大营坐镇，没有和宁德一起进军两河流域。他听到宁德发回来的情况，才知道事情很严重了，马上赶了过去帮着宁德处理这里的事情。