选用了一批骁勇善战的将才赴边御敌，又饬厉地方有司加强守备，与将校通力合作，但积重难返，一时边防犹人力财力不足。高拱治宿弊，便首先把眼光放在边防用将用人方面。兵部历来只设侍郎二员，协理部事，由于公务繁忙，他们平时很少巡阅边务。但一遇边方总督缺员，他们倒要前去顶补。若抽身不出，还得请移他官。去者都不谙边务，常使事倍而功半。于是高拱提议在兵部添设侍郎二员，主要巡阅边务，了解下情，做到对边方险隘、虏情缓急、将领贤否、士马强弱都非常熟悉。这样边务有人专管，总督员缺，也可即刻往补。高拱认为“兵乃专门之学”，但现在兵部系统用员往往“不择其人”，优秀官员将才又常常迁为他官，为此特请准兵部自己选将备才。他提出：储备本兵，当自兵部司属始，边将由兵部司属往任。选得有智谋才力者，不得随意他迁。侍郎、总督应经常对换，使他们熟悉彼此情况，一旦尚书员缺，即可顶任。这确是一项加强兵备的良策，颇得穆宗赞许，后来“边方兵备督抚之选，皆于是取之”。高拱还访得边方之官，长年镇守边卫，“涉历沙漠”，“出入锋镝”，可他们的俸资待遇和升擢提拔，都与内地处和平环境者同，“甚者且或后焉”。他以为这极不合理，建议对边臣应特示优厚，“有功则加以不测之恩，有缺则进以不次之擢”，使功名常在人先，其他官员不得与之相争。对边臣久卓成绩者更应体恤、厚加优抚，定期给假令回署休息，“使其精神不疲，而知慧不竭”，如此“以勤王事济必多得”。在加强边防将帅力量的同时，高拱与徐阶一样，也看到边沿地方有司在防卫上的重要作用。长期以来，充任这类边沿地方官的，不是杂流，便是迁谪者。朝廷对他们不关心不体察，待遇极差，所以他们没有上进心。而“边方有司，有疆埸之责，才者忧惧不堪，即优礼而鼓舞之，犹恐不振”，高拱于是“请择年力精强、才气超迈兼通武事者，调用有能保惠困穷俾皆乐业者”，充任边方有司，以三年为期，比内地超等升迁。若有军功，不次擢用，总之，“惟以治效，不循资格”。这些都有力地鼓励了戍边将帅和边方有司的进取心。
高拱办事有胆有识。当时接徐阶任首辅者为李春芳。李春芳为人宽厚，居政持论平，不事操切，虽无失措之举，却总显得气魄、才力不足。高拱仗己是穆宗腹心之臣，慨然以天下为己任，发挥了李春芳起不到的作用。隆庆四年（1570）八月，北边有警，高拱以尚书陈希学、曹邦辅，侍郎王遴各率师背城列阵以待；以京尹栗永禄、南都御史护守山陵；又起御史刘焘在天
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