苗族人民不屈不挠的反抗斗争，使明朝统治者大为震惊。明统治者除调集官兵剿杀外，还积极构建军事防御体系。宣德年间，都督肖授筑湾溪等二十四堡，“留官兵七千八百有奇”“环其地守之”，对处在湖贵川三省交界地区中心而屡屡发生苗民起义的腊尔山“生苗”区开始形成圈围之势。至嘉靖年间，总督张岳在镇压腊尔山苗民起义后，又“疏罢湾溪等堡，更设哨所凡十三”，围绕腊尔山苗区边沿，由西而东而北筑建，构成了对腊尔山地区的一个弧形防线。万历四十三年，湖广参政蔡复一“亲历边疆，度其险阻，力陈营哨罗布，苗路崎岖，难以遏其窥觑，请金四万有奇，筑沿边土墙。上自铜仁，下至保靖，迤山亘水，凡三百里”，蔡复一筑的“沿边土墙”是在肖授的“二十四堡”和张岳的“凡十有三”哨所的基础上筑建的，这就是史称的苗疆边墙，以边墙为界，划分“生苗”和“熟苗”，“边墙”之外的苗民称为“生苗”，之内的苗民称为“熟苗”。
苗疆边墙西南起自凤凰县亭子关，东北向贯穿凤凰，过乾州延至保靖县喜鹊营，逶迤三百八十余里。这一神秘的建筑遗存群，是明清封建统治者对以腊尔山苗区为中心的大片“生苗”区实施军事封锁的隔离政策的产物。
明王朝自英宗即位后，经景帝、宪宗、孝宗七十多年，是中衰时期。这时期宦官当权，政治腐败。经济上土地高度集中，一大部分自耕农，甚至中小地主在大地主及官吏的重重盘剥下破产，而有权有势的大地主及官吏大量侵占土地后，又不纳田赋，明廷出现了财政危机。为了增加明廷的财政收入，把大地主、官吏应交纳的田赋转嫁到农民的身上。农民在无法忍受的压榨下，纷纷揭竿而起。其中规模和影响较大的有广西和尚杨行祥的起义，浙江人叶宗留率领的破产农民的起义，福建皇丰、福安等地银矿矿工起义，福建邓茂七为首的农民起义。为镇压农民起义，明廷增加税赋以适应军费的支出。这样便形成了恶性循环。明朝走向中衰，集中反映在财政危机和农民起义这两个问题上。
洪武元年，太祖颁布诏布，“复衣冠如唐制”，禁止辫发、椎髻、胡服、胡语、胡姓。明初还曾明令禁止闽南蒲寿庚后代入仕为官。蒲寿庚系穆斯林，宋理宗年间，授泉州提举市舶。入元后，因助元灭宋有功，曾官至江西行省左丞。朱元璋建明朝以后，因以蒲寿庚为代表的闽南穆斯林曾帮助元朝统一中国，朱元璋借此复得分复仇，致使这一带的穆斯林从此衰落，被同化。《明律》规定，色目人不得同类自相嫁娶，如果违犯，打80杖，
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