自从北京南下为朱宏三打开广东局面，朱宏三在广东发展绝对没有那么快。想到这朱宏三决定还是留冯自用一条命，在最后执行前朱宏三将冯自用特赦，让他回四川老家养老，子孙不得科举。
挡在佟养甲面前的三个人都已经铲除，下一步就是佟养甲当首辅。按照佟养甲的预计他可以按照自己的意向治理这个国家，但是人已经杀了这么多，并不是你佟养甲说能停就能停的。
皇帝朱宏三现在完全变成了他的老祖宗朱元璋，在马明远死后的第二年，也就是神武十六年五月，朱宏三借着甘肃冒赈案将甘肃全省上下一千五百六十余名官员杀了精光，涉案官员家属足有上万人。
但是这件案子和以后发生的一比根本是毛毛雨，在神武十六年九月，长江湖北段发生溃堤，长江水倒灌武昌，死了数千人。朱宏三借着这个案子将整个长江沿岸，从上游的四川、贵州，中间的湖广、江西，下游的江苏、安徽，将沿岸各省主管水利设施、民政民生、赈灾放粮的官员全部处死，涉案官员达到二千六百多人。
神武十七年二月，朱宏三借着清查军队的时机，将军中的军头钱勇赐死，他的家眷充军，跟着钱勇一起死的还有五个师长、八个副师长、七个军法官，可以说钱勇在军中势力被清除一空。
接下来朱宏三放开手脚大杀，军中五大军头赵国栋因为秦王案子在神武十五年已经自杀，钱勇在神武十七年被赐死，剩下的王进宝、周玉、马昆也没逃了好，王进宝在神武二十年处死，周玉在神武十九年畏罪自杀，马昆算是善终，在神武二十年病死，但是他死后家产被抄，爵位也被削除。
其他军中所有高级武官都被清洗，朱宏三的禁卫军总管韩三强被杀掉，跟着钱勇血战江阴的韩世荣被杀掉，驻日本派遣军的赵国良被杀掉，在东北打赢俄罗斯人的段飞被杀掉，最后就连朱宏三女婿建宁郡王李元胤也没逃了，和朱洛的丈夫驸马赵虎在神武十八年一同被杀掉。这些高级将领空缺的职位纷纷换上忠于朱宏三的武将，这些武将都是当年童子营出身，只有他们才能得到朱宏三的绝对信任。
从神武十五年开始到神武二十年，朝中文武百官被杀掉八成，二十九个省的巡抚被杀掉三十六个，有几个省换上的第二任巡抚也被杀掉，其他布政使、按察使、都司等省级高官杀掉足有上百，至于知府、知县等小官更不用说了。有人估算过，在神武十二年中进士的二百七十八人中，能活到神武二十一年的只有十一人，其他不是被杀就是被充军流放。
从神武十五年
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