年亲征攻占了南京，立刻声威大震，同时新任福建巡抚袁彭年接到皇帝的命令后，也开始准备对盘踞在厦门、金门的郑成功动手。
郑成功现在完全成了孤魂野鬼，大陆上因为神武朝廷的不合作，已经根本得不到补给。自己虽然水军实力强过福建水师，但是要知道就在长江口，广东海军那十几艘大海船可停在那，如果福建这边有需要完全在半月之内就能赶回来。
和不是，打不是，留也不是，看来只有走了。郑成功在和自己手下商量几日后，决定听取陈永华的建议，全军起锚去台湾。
神武二年二月，被朱宏三逼的没有退路的郑成功，率领众将士在金门“祭天”“礼地”“祭江”，举行隆重的誓师仪式。一切准备就绪，船舰将士集结于料罗湾，候风进发。二十三日，郑成功亲率将士两万五千人、战船三百艘自金门料罗湾出发，向东挺进。