大规模的改动，一些大殿之类的改成了将军和都统衙门，还有部分大殿被拆毁，改建成一栋栋居民的住房，用来供给旗人居住。基本上清军修房子，只要缺什么材料，都会从明故宫里拆毁，在满清统治的二百多年里，被毁的不知道多少。
第三，清末太平天国运动爆发，太平军与驻扎在明故宫的满军有过比较激烈的战斗，由于明故宫里都是满人，而太平军是要杀光他们的，所以在这种战斗中，昔日皇宫成为战场，明故宫遭受的第三场浩劫开始了。后来，为了修建天王府以及其他诸王的府第，对明故宫进行不少拆毁。
另外，在后来的岁月里，南京明故宫也陆续遭到了洋人与国人的破坏，最终如今只剩下明故宫公园一个残景，和几个作为满城的证据“蓝旗营”、“蓝旗街”等地名。想想朱元璋驱除鞑虏建立大明，他居住的宫殿，竟被他驱除的对象居住了二百多年，而他只居住了二十多年，真是一场心痛和耻辱。
不过在这个时空里满清可没有了那种好运气，南京这里满清只占了三年，现在南京故宫还大体完整，只是其中几个大殿被满人临时改成将军衙门。不过在朱宏三拜祭孝陵的时候，东厂大太监李承恩早已经带着东厂一些虎狼对紫禁城里来了一次清剿，大部分满人的家眷都被抓了起来。不过这些满人的家眷倒不都是满人，里边大部分都是汉人。这些可怜女子都是被满人抢来的女人，基本都是北方大户家的女人。剩下的还有几百个没成年的满洲人的小崽子，朱宏三对付这些人可比他的祖宗朱元璋来的狠得多。当年朱元璋抓住蒙古人，男子没到十二的阉割，超过十二的斩首。朱宏三不管这些，只要是满洲人，男的全部砍头，不管老弱，女子年轻的发配教坊司为妓，年纪大的一刀给个痛快，省的浪费粮食。对付汉军旗朱宏三手段就要温柔很多，毕竟这些家伙当年投降很大一部分是朝廷不给力，所以汉军旗不管老弱一律发配吕宋。
朱宏三进城的时候紫禁城里大部分满人都已经清除，但是还有少部分躲在黑暗处，韩三强正带人清剿。朱宏三来到已经清理完成的乾清宫，准备睡觉。
王婉儿早在中午就跟着李承恩那些东厂番子进入皇城，下午她看到东厂番子对那些满人家眷手段残忍，心中不免不忍，但是他一个朱宏三的小妾，连个身份都没有，那里能说得上话。现在看到朱宏三风尘仆仆的回来，赶紧上前为朱宏三更衣。
朱宏三脱去甲胄，换上轻便的服装，对王婉儿笑道：“怎么样？住的可习惯？现在军队正在清剿满人余孽，过几日就好了，皇宫
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