身上更显出一个将才的能力。在江阴典史任上时，他曾率兵丁抵抗海盗顾三麻子数百只战舰的进攻，使其不敢再犯江阴。江阴人感其再造之恩，把他的肖像供奉于社学中。按理，像阎应元这种立下大功的小吏，朝廷应当大行褒奖，但仅把他升为广东英德县主簿。如此优秀的将才，却沉于典史这种不入流的下僚，而军国大事执掌在一帮颟顸无能的肉食者手中，明朝的灭亡，一点也不奇怪。阎离任后，由陈明遇继任江阴典史之职。
当陈明遇派人找到阎应元时，阎应元爽快地说：“如果你们听我的安排，我就同意。”众人皆表示会唯命是从。于是，阎应元率家丁四十人，在闻讯赶来相助的几千名乡兵的帮助下，杀进孤城江阴。从此，他再也没有离开过这座几十天后将陷入血泊与绝望的孤城。