要是天皇用以刺探幕府的情况，后来日本逐渐实现了现代化，其间谍功能逐渐衰弱，但承担的任务更加神秘。原来认为他主要是承担搜索掠夺被占领区财富的任务，他的首脑是由天皇亲自担任，亚洲的负责人竹田宫恒德亲王更是一个狂热的军国主义分子，但是后来的研究表明，他们对亚洲的许多遗迹、文物、神秘现象特别有兴趣，才知道他们是在寻找史前文明遗迹，希望从中能提高自己国家的科技实力。他们有并且和德意志第三帝国的组织有着密切的联系。
但是，他们的任务似乎并不成功，虽然他们掠夺了大量的金银财宝，但对神秘事物的搜寻却没什么事实上的突破。二战后，美国占领了日本，许多山百合的成员或逃或杀，一些资料被美国人运走。但仍有一些死硬的军国主义者仍然不死心，他们认为，他们是古大陆文明的继承者，他们继续寻找，以图复活军国主义。