南京兵部尚书则是凤毛麟角握有重大权力的职位，实可谓南京的第一把手。
南京兵部尚书负责南直隶及周边地方军务，守卫南京城及皇陵、防卫江防海防，肩负维系东南财赋重地稳定的大任。虽说还总揽船政、马政、选贡、驿传、修城并选拔武官等等事务，但只主管军务一条，就足以睥睨南京百官。
军务落到具体，主要两项尤为重要。一项为巩固南京及周边的江海防务，另一项为掌管南直隶营务，都是实打实的兵权所在。拱卫南京各营及江操官军皆从属管操武臣统领操练，武臣们则接受南京兵部直接指挥。南京大小教场、神机、新江口、池河、浦子口、振武等营并南京兵部一应营官兵马所需钱粮军饷均由南京户部支取数额，且听从南京兵部决定数额。如此一来，南京兵部实则在兵权之余，更有了插手财权之力。
刘孔炤巡防江务，目前手里管着新江口、池河、振武三营。其中池河营是南京兵部亲自主持招募的健儿，编制三千齐整，算是刘孔炤的家底主力。振武营成立之初即多无赖子弟，骄横难制，曾经因为饷银被拖欠作乱兵变，被遣散大半，如今名存实亡。新江口营规模最大，额定一万五千人、舟船三百艘，不过早就逃逸众多，估计所剩仅五千人不到。这是刘孔炤当前主要钻营的一个营。
史可法没上任的时候，刘孔炤靠着新江口营吃空饷。但等史可法来了，指示兵部立刻查清兵册，确认了实在人数，当即停止了多余钱粮的发放。刘孔炤当然不干，要求史可法照例按额定编制发放军饷，史可法则态度坚决，限期刘孔炤对着兵册，勾补填实缺额，否则直接裁汰营兵编制，永远节省费用。这般刘孔炤可急了，要是补不齐兵力，他不但军饷再也拿不到，就连编制也缩了，自是大大的亏本买卖。
是以李悖相信，一旦袁时中接受朝廷正式招安的公文交到刘孔炤手里，他是绝无拒而不受的可能的。小袁营一万人，恰好塞进新江口营，就算多出了人，还有残缺不全的振武营可以安置。怕就怕史可法有意为难刘孔炤。
“史大人权重，赵帅亦知。但袁时中改邪归正，是大义，史大人一心为国深明此中道理，为公不该拒绝小袁营。”李悖正色道。
“此话不假，可......”钱谦益略一迟疑，轻咳两声道，“可史可法非我党中人，我与他也无甚交情。就算有心为小袁营说话，只恐也没有十足的把握。”说罢，看了看对面坐着的一个五十来岁开外的儒生。那是他的弟子瞿式耜，当年钱谦益被温体仁攻击下野，他也受到了拖累。因与
…。。