随时可能卷土重来。
为了彻底铲除玄影，萧琰与萧璟分工合作。萧琰坐镇大理寺，负责追查玄影余孽，整理玄影的罪证；萧璟则负责安抚朝堂，说服保守派大臣，稳定朝局。他们常常一起熬夜议事，一起分析案情，一起调理身体——箭伤和血毒留下的病根，让两人都需要长期调理，萧璟每天中午都会亲自来到大理寺，与萧琰一同吃药膳，顺便商议要事。
追查玄影余孽的过程，异常艰难。玄影的成员遍布朝野，隐蔽极深，许多人表面上是朝中重臣、宫中侍卫，暗地里却在为玄影效力。萧琰凭借前世的记忆和敏锐的洞察力，一点点排查，一点点深挖，先后揪出了十七名玄影成员，其中不乏六部高官。每一次排查，都伴随着危险，玄影的余孽多次试图暗杀萧琰，都被萧琰和萧璟提前识破，化险为夷。
在追查玄影余孽的过程中，萧琰遇到了许多阻碍，甚至有人在茶楼散播谣言，污蔑萧璟不是皇帝亲生的，是玄门派来的傀儡。谣言一出，朝堂震动，萧璟深受打击，手中的茶盏都裂了一道缝隙。萧琰不动声色地按住他发抖的手腕，眼神坚定：“别怕，有我在，我会查清真相，还你清白。”随后，萧琰立刻下令，抓捕了散播谣言的人，经查证，此人正是玄影的余孽，而他口中的谣言，不过是玄影用来挑拨他与萧璟关系的阴谋。
为了查清所有真相，萧琰和萧璟亲自前往天牢，审讯了被抓捕的玄影余孽——前玄门掌教青云子。青云子是当年给淑妃接生的人，也是玄影“分魂转世”秘法的执行者。面对萧琰和萧璟的质问，青云子疯疯癫癫，却道出了一个惊天秘密：“你们本来就是一魂双生，是玄门秘法‘分魂转世’的试验品！玄影让你们分裂，让你们互相猜忌，就是为了造一个完美的傀儡皇帝，最终颠覆王朝！”
青云子的话，让萧琰想起了前世的种种，想起了沧州之战前，他与萧璟灵魂互换的古怪体验——那时的他，突然拥有了萧璟的军事才能，而萧璟，也掌握了他的断案技巧。原来，这一切都不是巧合，而是因为他们本就是一个完整的魂魄，只是被玄影用秘法分裂开来。“玄影为什么要这么做？”萧琰逼问，青云子咧嘴一笑，露出满嘴黑牙：“因为杜衡想渔翁得利，想在你们两败俱伤之后，夺取皇位。没想到，你们竟然能突破魂障，提前有了感应。”
离开天牢后，萧琰和萧璟都沉默了。直到回到大理寺后院，萧璟才开口问道：“你信吗？”萧琰摸着胸前的玉佩，眼底平静却坚定：“半信半疑。但我知道，不管我们是什么身份，不管我们是不是
…。。