传统等因素，重新核定上限，称为“额设”。无额寺观，限期合并或拆毁。所有僧尼、道士、女冠，必须持有由礼部统一印制、地方官府加盖印信的“度牒”（出家凭证）和“戒牒”（受戒凭证），并登记于专门的“僧道籍”，相当于另类的“户籍”，严格管理其流动。私自剃度、无牒游方，皆以“私度”论罪，本人及收留寺观一体惩处。
其次，是系统的“考核”与“升迁”制度。借鉴官员考课法，对僧官、道官（寺观三纲、威仪等）设立“德、才、功、过”四格考绩法。“德”即是否“忠君爱国，恪守清规，品行端方”；“才”即是否“通晓经义，善于讲说，导人向善”；“功”即所在寺观在“劝课农桑、赈济灾荒、施医施药、修桥补路、协助教化”等方面有无实际贡献；“过”则记录其各种过失，尤其是“谤讪朝廷、诋毁正法、结交匪类、行为不检”等。考核由地方州县官主持，会同当地“三教协调分署”派驻官员及士绅代表共同进行，结果上报礼部存档，作为其升迁、赏罚乃至保留度牒的依据。这彻底改变了以往主要靠声望、辈分、宗派传承决定僧道领袖的旧例，将人事权牢牢抓在了朝廷手中。
第三，是全面的“经济”与“活动”监管。寺观田产，严格实行“限额”与“清丈”，超出部分，或没收，或强制“捐献”给官府用于公益。禁止寺观从事高利贷、大规模商业经营。寺观接受捐赠、举办法会等大型活动，必须向官府报备，所得钱物需登记入册，接受核查。更重要的是，所有寺观的日常讲经、法会、斋醮内容，尤其是涉及“护国”、“忠君”、“预言”、“祥瑞”等敏感话题的，其核心文稿或提纲，需提前报送“三教协调分署”审核备案。 未经备案的“私讲”、“妄论”，一经发现，严惩不贷。这等于扼住了宗教思想传播的咽喉。
最后，是明确的“荣宠”与“惩罚”标杆。朝廷明确列出哪些行为会受到表彰和赏赐（如主动宣讲《大云经》与《仁王经》，积极推行“三教同风”，在灾荒时大力赈济等），哪些行为会招致严厉惩罚（如抗拒政令、私藏禁书、妄议朝政、结交宗室外官等）。赏罚分明，导向清晰。
三、 分化与收编
在这一整套精细而严密的制度笼子下，原有的宗教势力开始了急剧的分化与重组。
以佛教为例。曾经与朝廷关系密切、较早参与《大云经》注释和宣扬的白马寺（薛怀义）、大慈恩寺（部分高僧）系统，以及一些善于迎合、迅速转向的僧侣，成为新秩序的最大受益者。他们不仅保住了寺产，
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