洛水文会的波澜，如同投入池塘的石子，涟漪在士林间持续扩散。新旧思想的交锋并未因杨炯的调和而止息，反而在更广泛的层面，以更微妙的形式展开。然而，在格物院的高墙之内，在那些摆满仪器、堆满图纸、弥漫着硝烟、药草或金属气息的工坊与学馆中，一种更为深刻、更为本质的变化，正在悄无声息却又坚定无比地发生。争论的喧嚣似乎被隔绝在外，这里的人们，正遵循着某种内在的、新生的规则，专注于手头具体而微的问题。一种不同于传统“格物致知”（其最终指向是道德心性）的新认知方式，一种可以称之为“科学萌芽”的精神与实践，正在这片被精心开垦的土壤中，破土而出，舒展嫩芽。
麟德十二年夏，格物院举办了一场内部的“学述评议”。这并非正式朝会，也非文人雅集，而是各馆主、资深教习、优秀学员齐聚一堂，汇报各自领域的最新进展，相互质询，辩难求真。与会者不再仅限于皓首穷经的大儒，更多是些“不伦不类”的人物：有身着道袍却满手墨渍的算学博士，有挽着袖子露出精悍小臂的舟师老匠，有浑身散发药石气味的前炼丹方士，有能精准绘制星图却对经义不甚了了的司天台年轻官员，甚至还有几位因精于接骨而被特聘入医学院的民间疡医。他们的共同点是，眼中闪烁着对未知的好奇和对答案的渴求。
地舆馆的陆明远首先站起，他身后是一幅巨大的、不断被修订的《坤舆万国全览草图》。他指出了图上几处海岸线的修正，依据是最近从广州、扬州市舶司汇总的，由海商、水手们记录并提供的最新航行日志。“……此处海湾，旧图有误，据‘海鹘三号’船长所述，其地多暗礁，水流湍急，与图中平缓迥然。下官以为，舆图之学，首重实证，道听途说、臆测勾连皆不可取。当广募四海舟子之言，详加勘对，方能渐近真实。此非一日之功，需持之以恒，代代积累。” 他提出了建立“航路日志库”的构想，系统收集、整理、验证各地水文地理信息。这是一种基于观察、记录、验证、积累的实证地理学方法的自觉。
接着是算学馆的赵玄默。他没有高谈《九章》奥义，而是展示了一套新编的《算学阶梯习题集》。这套书不仅收录了传统的田亩、赋税、工程算题，更增加了大量基于实际的新问题：如何计算不同坡度下水渠流量？如何根据星高测量船位（简单的纬度计算）？如何为新型火炮设计射表？如何分配船队货载使重心最稳？“算学之用，在于解决实际问题。问题愈切，则算法愈精。今后，我馆将向舟车、军械、化机诸馆征集算题，共同研讨
…。。